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Posee la colección de peces de agua dulce mas grande del país, con un registro de 50.000 frascos que contienen 600.000 ejemplares individuales.

Inicio sus actividades en 1978 con la colección de peces, teniendo como sede las instalaciones del Convento de San Francisco. Al mudarse al Campus Universitario de Mesa de Cavacas comienza con la colección de anfibios, reptiles, aves y mamíferos.

El Museo es pilar fundamental como apoyo docente, ya que contribuye significativamente en la formación académica de los estudiantes, con conocimiento taxonómico y biológico de la fauna silvestre, terrestre y acuática.